Japanese aquatic macroinvertebrate reference
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A preliminary release of digital collections of aquatic macroinvertebrates inhabiting Japan
日本産水生生物類デジタルデータの予備的な公開
Riverine Metagenomics Research Group, Osaka Metropolitan University
大阪公立大学 河川メタゲノム研究グループ
(国際基幹教育機構生物学研究室,大学院理学研究科生物学専攻遺伝子科学研究室)
Digital data (images and DNA sequences) of aquatic macroinvertebrates inhabiting Japan are preliminarily released on the internet web site along with the sampling information. Physical collections (specimens) are stored at the laboratory of Riverine Metagenomics Research Group, from which genomic DNA was isolated and the specific DNA sequences (partial coding regions of 18S rRNA, histone H3, and mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I genes) were determined.
我々の研究グループが採集・収集した日本産水生生物類について、それらの撮影画像と種判別マーカーとなるDNA情報を整理し、ここに試験的に公開する。実物標本は我々の研究室において保管されている。現時点では、種判別マーカーとして、18S
rRNA部分遺伝子配列、ヒストンH3部分遺伝子配列、およびミトコンドリアCOI遺伝子部分配列の解析を進めている。(水生生物を主たる対象とするが、当研究室においてDNA解析済みの陸生生物もリストに加えている。)
List of Collections
Order |
目名 No. of |
families |
genera |
species |
taxa in total updated on |
||||||
カゲロウ目(蜉蝣目) |
12 |
科 |
34 |
属 |
72 |
種 |
75 |
分類群 |
( 2023/10/28時点) |
||
トンボ目(蜻蛉目) |
8 |
科 |
22 |
属 |
30 |
種 |
30 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
カワゲラ目(襀翅目) |
5 |
科 |
11 |
属 |
3 |
種 |
11 |
分類群 |
( 2023/10/28 時点) |
||
カメムシ目(半翅目) |
2 |
科 |
2 |
属 |
3 |
種 |
3 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
ヘビトンボ目(広翅目) |
1 |
科 |
2 |
属 |
2 |
種 |
2 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
トビケラ目(毛翅目) |
16 |
科 |
22 |
属 |
36 |
種 |
37 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
コウチュウ目(鞘翅目) |
3 |
科 |
3 |
属 |
1 |
種 |
4 |
分類群 |
( 2022/11/16 時点) |
||
ハエ目(双翅目) |
3 |
科 |
3 |
属 |
1 |
種 |
4 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ヨコエビ目(端脚目) |
1 |
科 |
1 |
属 |
1 |
種 |
1 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
ワラジムシ目(等脚目) |
1 |
科 |
1 |
属 |
1 |
種 |
1 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
エビ目(十脚目) |
2 |
科 |
1 |
属 |
1 |
種 |
2 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
ダニ目 |
6 |
科 |
6 |
属 |
2 |
種 |
6 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
ケンミジンコ目 |
- |
科 |
- |
属 |
- |
種 |
1 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
Terrestrial insects |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
カマキリ目 |
1 |
科 |
1 |
属 |
1 |
種 |
1 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
バッタ目(直翅目) |
2 |
科 |
2 |
属 |
2 |
種 |
2 |
分類群 |
( 2021/8/23 時点) |
||
Related publications and presentation
Kei
Wakimura, Yasuhiro Takemon,
Atsushi Takayanagi, Shin-ichi
Ishiwata, Kozo Watanabe, Kazumi Tanida, Nobuyoshi
Shimizu, Mikio Kato*. Characterization of genes for histone H3, 18S rRNA, and
cytochrome oxidase subunit I of East Asian mayflies (Ephemeroptera). DNA Barcodes 4, 1-25 (2016).
Kei
Wakimura,
Yasuhiro Takemon, Shin-ichi
Ishiwata, Kazumi Tanida, Eman
M. Abbas, Koji Inai, Akikazu
Taira, Aki Tanaka, and Mikio Kato*. A reference collection of Japanese aquatic
macroinvertebrates. Ecological Genetics and
Genomics 17,
100065 (2020)
Koji
Inai, Kei Wakimura, and
Mikio Kato*. Pairwise sequence comparison data of the DNA barcodes of aquatic insects.
Data in Brief 32, 106284 (2020)
Kei
Wakimura, Koji Inai, Kazumi
Tanida, Kozo Watanabe, and Mikio Kato*. Metabarcoding data of mitochondrial
cytochrome c oxidase subunit 1 gene from bulk community of aquatic organisms
collected from Nara Prefecture, Japan. Data in Brief 45,
108599 (2022) Figure 1a, Figure 1b
Koji
Inai, Kei Wakimura, and
Mikio Kato*. Operational taxonomic units of cox1 amplified from bulk community
DNA samples in Takamigawa River, Nara, Japan.
Mendeley Data, 19 February 2022, DOI:
10.17632/pfhf4kt37s.1
Kei Wakimura and Mikio Kato.
A preliminary release of Japanese
aquatic macroinvertebrate references (J-amir) on
internet web. Extended Abstract No. 62, JSCENS7: The 7th Joint Symposium on Chemistry,
Environment, Natural Sciences and Technologies, Ho Chi Minh City, Viet Nam,
October 25, 2019.
This work is supported in part by JSPS-KAKENHI (Grant
Number 17K07541), and Water Resources Environment Technology Center (Grant
Number 2008-04).
This site is under construction. Contents will be
added when prepared.
Any comments, suggestions and inquiries should be sent
to:
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mkgenomics
Domain:
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