Japanese aquatic macroinvertebrate reference

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A preliminary release of digital collections of aquatic macroinvertebrates inhabiting Japan

日本産水生生物類デジタルデータの予備的な公開

 

 

Riverine Metagenomics Research Group, Osaka Prefecture University

大阪府立大学 河川メタゲノム研究グループ

(高等教育推進機構生物学研究室,大学院理学系研究科生物科学専攻遺伝子科学分野)

 

Digital data (images and DNA sequences) of aquatic macroinvertebrates inhabiting Japan are preliminarily released on the internet web site along with the sampling information. Physical collections (specimens) are stored at the laboratory of Riverine Metagenomics Research Group, from which genomic DNA was isolated and the specific DNA sequences (partial coding regions of 18S rRNA, histone H3, and mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I genes) were determined. 

 

我々の研究グループが採集・収集した日本産水生生物類について、それらの撮影画像と種判別マーカーとなるDNA情報を整理し、ここに試験的に公開する。実物標本は我々の研究室において保管されている。現時点では、種判別マーカーとして、18S rRNA部分遺伝子配列、ヒストンH3部分遺伝子配列、およびミトコンドリアCOI遺伝子部分配列の解析を進めている。(水生生物を主たる対象とするが、当研究室においてDNA解析済みの陸生生物もリストに加えている。)

 

List of Collections

 

Order

目名       No. of

families

genera

species

taxa      in total

Ephemeroptera

カゲロウ目(蜉蝣目)

12

34

72

75

分類群

2020/4/15 時点)

Odonata

トンボ目(蜻蛉目)

8

22

30

30

分類群

2020/4/15 時点)

Plecoptera

カワゲラ目(襀翅目)

5

11

3

11

分類群

2020/4/15 時点)

Hemiptera

カメムシ目(半翅目)

2

2

3

3

分類群

2020/4/15 時点)

Megaloptera

ヘビトンボ目(広翅目)

1

2

2

2

分類群

2020/4/15 時点)

Trichoptera

トビケラ目(毛翅目)

16

22

36

37

分類群

2020/4/15 時点)

Coleoptera

コウチュウ目(鞘翅目)

3

3

1

4

分類群

2020/4/15 時点)

Diptera

ハエ目(双翅目)

3

3

1

4

分類群

2020/4/15 時点)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Amphipoda

ヨコエビ目(端脚目)

1

1

1

1

分類群

2020/4/15 時点)

Isopoda

ワラジムシ目(等脚目)

1

1

1

1

分類群

2020/4/15 時点)

Decapoda

エビ目(十脚目)

2

1

1

2

分類群

2020/4/15 時点)

Acari

ダニ目

6

6

2

6

分類群

2020/4/15 時点)

Cyclopoida

ケンミジンコ目

-

-

-

1

分類群

2020/4/15 時点)

 

Terrestrial insects

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Mantodea

カマキリ目

1

1

1

1

分類群

2020/4/15 時点)

Orthoptera

バッタ目(直翅目)

2

2

2

2

分類群

2020/4/15 時点)

 

Related publications and presentation

Kei Wakimura, Yasuhiro Takemon, Atsushi Takayanagi, Shin-ichi Ishiwata, Kozo Watanabe, Kazumi Tanida, Nobuyoshi Shimizu, Mikio Kato*. Characterization of genes for histone H3, 18S rRNA, and cytochrome oxidase subunit I of East Asian mayflies (Ephemeroptera). DNA Barcodes 4, 1-25 (2016).

Kei Wakimura, Yasuhiro Takemon, Shin-ichi Ishiwata, Kazumi Tanida, Eman M. Abbas, Koji Inai, Akikazu Taira, Aki Tanaka, and Mikio Kato*. A reference collection of Japanese aquatic macroinvertebrates. Ecological Genetics and Genomics (2020, in press)

Koji Inai, Kei Wakimura, and Mikio Kato*. Pairwise sequence comparison data of the DNA barcodes of aquatic insects. Data in Brief (2020, in press)

Kei Wakimura and Mikio Kato. A preliminary release of Japanese aquatic macroinvertebrate references (J-amir) on internet web. Extended Abstract No. 62, JSCENS7: The 7th Joint Symposium on Chemistry, Environment, Natural Sciences and Technologies, Ho Chi Minh City, Viet Nam, October 25, 2019.

 

This work is supported in part by JSPS-KAKENHI (Grant Number 17K07541), and Water Resources Environment Technology Center (Grant Number 2008-04).

This site is under construction. Contents will be added when prepared.

 

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